科创企业商业模式较新、业绩波动可能较大、经营风险较高，需要投资者具备相应的投资经验、资金实力、风险承受能力和价值判断能力。由此，《科创板股票交易特别规定》对科创板交易制度作了差异化安排，要求个人投资者参与科创板股票交易，证券账户及资金账户的资产不低于人民币50万元，并参与证券交易满24个月。
目前，港股通、融资融券业务以及参与退市整理期股票交易的投资者门槛均为50万元。设置50万元资产的门槛，可以很大程度上把风险承受能力较弱的中小投资者挡在门外。中登公司公布的2015年末数据显示，自然人投资者持股市值1万元以下、1至10万元、10至50万元的占比分别为23.15%、48.48%、21.65%。另据《上海证券交易所统计年鉴2018卷》公布的数据，截至2017年末，沪市自然人投资者持股账户数占比为99.78%，其中，持股市值10万元以下、10万元至50万元的自然人投资者账户数占比分别为55.28%、30.11%。市场人士估算，50万元资产的门槛意味着八成以上的个人投资者不能直接参与。
判断科创板投资者门槛的高低，应该看其与交易制度、上市制度等是否相协调。科创板放宽涨跌幅限制，新股上市后的前5个交易日不设涨跌幅限制，之后涨跌幅限制放宽至20%。这意味着个股若出现“天地板”，股价波动幅度显著大于现有A股。散户投资者往往在波动性较大的个股行情中追涨杀跌，若投资者门槛过低的话，很容易被“割韭菜”。此外，科创板设置了能够满足不同类型企业的包容性上市条件，允许存在未弥补亏损、未盈利企业上市。而对于亏损的企业在科创板挂牌，该如何判断它的投资价值？大多数中小投资者难以把握。
也有投资者提出，50万元的科创板投资者门槛设置偏低，可能仍让不少中小投资者面临较大的投资风险，这个门槛有必要抬高到100万元。对此，反对者认为，过高的交易门槛，影响到科创板股票的流动性。缺乏必要的流动性，会给科创板带来较大风险。成交不活跃的股票，一旦出现一两笔大单折价抛售，股价就可能瞬间大跌。可见，科创板投资者门槛的设置，很大程度上是在确保流动性与防控过度投机炒作间寻找到平衡点，从主板交易多年积累的经验来看，50万元门槛是相对较为适合的。当然，在50万元投资者门槛设置的基础上，如何更好保护个人投资者权益，监管层还有许多工作要做。