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方舟子推廣轉基因食品的矛和盾

方舟子在推轉基因時首先打出“轉基因食品減少農藥殘留，更健康更環保”等理念，他經常在報紙和電視上現身說法，稱自己在美國吃了多少轉基因食品，自己如何青睞轉基因食品。在《我為什么選擇轉基因食品》一文里，方舟子說：“轉基因食品比較安全。和同類作物相比，抗蟲害轉基因作物能大量地減少農藥的使用，也就比較不用擔心農藥殘留的問題。而且，轉基因食品受到了更嚴格的監管，風險其實要比傳統作物更低。”

方舟子在文章中指出，轉基因食品更為環保。種植轉基因作物少灑了大量的農藥。這既減輕了農藥對環境的污染，又減少了用于生產、運輸、噴灑農藥所耗費的原料、能源和排出的廢料，還保護了益蟲和其他生物，減少了人畜接觸殺蟲劑而中毒的危險另一篇文章《精仿愛彼AP手錶 http://www.rhwatches.com/bigproc-4.html轉基因其實很環保》中，方舟子同樣指出這個道理，抗蟲害轉基因作物由于天生就能抵抗主要害蟲的侵襲，種植它們大幅度地減少了農藥的使用，減輕了農藥對環境的污染和對生態的破壞，又減少了用于生產、運輸、噴灑農藥所耗費的原料、能源和排出的廢料為了突出轉基因食品的優點，方舟子還特意將轉基因食品與非轉基因食品作對比：“轉基因食品不僅是安精仿手錶名錶專賣店全的，而且往往要比同類非轉基因食品更安全。種植抗蟲害轉基因作物能不用或少用農藥，因而減少或消除農藥對食品的污染，而大家都知，農藥殘余過高一直是現在食品安全的大問題。”《方舟子：為什么說吃轉基因食品是更加安全的》

目前，世界上商業化種植的轉基因作物主要就是兩大類，抗除草劑和抗蟲轉基因作物。方舟子提到的抗蟲轉基因作物是轉入BT基因（蘇云金芽孢桿菌），使得植物本身表達BT蛋白，取代BT農藥的作用。這類轉基因作物在種植可以減少了BT農藥的使用量，但不會減少其他農藥的使用量。這與Bt毒素的專殺性有關，一般Bt毒素對絕大多數是鱗翅目昆蟲有殺傷力。方舟子說，抗蟲轉基因作物能減少農藥用量，所指的就是這種Bt類農藥，方舟子說這種轉基因作物能減少人畜接觸殺蟲劑而中毒的危險，這實際等于承認這類的“Bt殺蟲劑”對環境對人體是有毒的當方舟子要消除轉基因食品“殺死蟲子”而引起的民眾恐慌時，他又搬出另一套科學理論，在他的科普文章《蟲都不吃，人可以吃》里，方舟子這樣寫道：美國使用Bt內毒素作為生物農藥已有幾十年的歷史，大面積種植含Bt基因的抗蟲害轉基因作物也已有十來年的歷史，迄今未發現一例人畜因吃江詩丹頓Vacheron Constantin這種作物中毒的。用老鼠和綿羊做的實驗也表明吃Bt內毒素不會影響哺乳動物的身體健康關于Bt生物農藥，它主要是BT菌或者BT菌的提取物，能夠殺蟲的主要是BT毒蛋白，而轉基因作物中殺蟲的也是BT毒蛋白。”《方舟子：蟲都不吃人可以吃》

方舟子一會說BT內毒素無毒，一會說BT內毒素農藥有毒，到底有沒有害？反正方舟子說了算，他是13億人轉基因主糧的安全顧問我們可以看到方舟子的邏輯：當要強調轉基因食品比傳統食品更安全更環保時，方舟子就搬出BT農藥有害這套說辭；當為了消除民眾對轉基因食品安全性的擔憂時，方舟子則搬出BT內毒素對人體無害這套科學理論，這是方舟子推銷轉基因食品的一對矛和盾，所向無敵轉基因技術的原理，不過是把BT基因轉入植物體內使這種植物能直接表達BT蛋白，這等于是把植物體本身變為“農藥的加工廠”。cowronegu
 
轉基因食品雖然減少農藥的殘留，但是他是直接生產BT農藥的主要成份 BT毒蛋白。方舟子為轉基因食品作安全性的辯護時，一再強調這種農藥使用幾十年沒有中毒現象，我們應該要明白，對Bt安全性的評估是作為農藥而非食品使用的，這就像一張桌子使用幾百年也不會對人體有害，但是你吃進肚子就難保沒問題。不僅方舟子，轉基因專家也一樣，他們將農藥使用安全來說明直接食用這種農藥成分是安全的，這個邏輯是本身有些站不住腳抗蟲轉基因作物減少了殺蟲劑的使用，這對環境是一個好處。但是，我們必須面對農作物自身中的BT這種人類不得不接觸的新的殺蟲劑，而且轉基因食品中的BT濃度遠大于BT農藥中的濃度。更何況方舟子自己也說，抗蟲的BT轉基因作物減少的這部分農藥對人體是有毒有害的轉基因作物商業化推廣十幾年的進程證明，轉基因作物降低農藥投入，是早已破滅的神話。美國農業部和美國國家科學院等機構的報告指明，轉基因作物商業化種植以來，農藥肥料等化工產品用量不但沒降低，反而增加很多。中國的轉基因作物也證明這點，中國農業科學院植物保護研究所所長的吳孔明在《科學》雜志上發表的文章，中國大面積種植轉基因棉花造成盲蝽大爆發，次生害蟲成主要害蟲，農藥用量不斷增加。環保部南京科學研究所研究員王長永調查發現，轉基因木瓜畝產只高于常規木瓜11.5%左右，但是，使用的肥料、農藥卻分別高出傳統木瓜18.5%